自95學年度起，本校通識課程進行重大改革，由通識教育中心所進行的核心通識向度改革係針對台灣社會與教育情況而規劃，具高度挑戰性，採取了多階層方式與長期的徐進統合進程，兼重基礎理論之整合習得與積極的實踐。除考慮到台灣學生在高中以前階段課程過早分流造成通識教育涵養不足，並考慮到台灣之大學學分數過多且散漫之特性，認為必須有系統規劃課程，使學生經過指引，選修一有系統的課群，才足以達到國外著名大學的通識教育水準。因而清華通識課程除了有核心課程之設計規劃為主外，另有三門九類多元課程之輔佐(請見下表)。
| 核心通識 |
| 1. 思維方式 2. 生命之探索 3. 藝術與文學 4. 社會文化脈動 5. 科學、技術與社會 6. 歷史分析 |
| 8-12學分 |
| 進階/多元通識選修 |
1. 自然科學領域 2. 社會科學領域 3. 人文學領域 |
| 8-12學分 |
清華核心通識課程之規劃原則有三：
- 學門基礎知識與思維取向；
- 跨學科向度知識整合；
- 議題導向。
通識選修課程之規劃，本校將之定位於：
- 提供學生多元化的認知視野及人文體驗；
- 獨立思考的析辨能力及理性價值判斷的智慧；
- 提供人文與科技間的對話；
- 理工學科科技知識間的交流。
通識選修課程九大類課程之內涵，是以專業知識的通識化及結合現代生活基礎技能為設計之準則，每類別之課程儘可能的多元化、知識化與經驗化。而每學期之通識課程，是由本中心之專任教師針對本校師生提出之要求來規劃；而後邀請校內、外合適之師資擔任講員，並經本校之通識課程委員會核可後定案。
另外，為了擴展學生對知識領域的視野及平衡人文、科技的素養，因此本校通識教育同時要求理工的學生至少各有兩個學分的通識課程需要修習有關社會科學及人文學的課程，而人文社會學院的學生則至少有兩個學分的通識課程修習有關科學方面的課程(詳見修課規定)。未來更希望能進一步的以以上的九大類來設計專業性學程，協助學生發展整體的志趣與生涯。
本校歷經不少困難始完成整合共同科目的向度跨學科的基礎核心課程，接續並透過執行教育部「以通識教育為核心之全校課程革新三年期計畫」，再次進行通識教育改革，其中一項重要精神就是通識與專業的整合，並促成專業課程、核心基礎通識課程與進階通識選修課程之縱向與橫向聯繫與規劃。
核心課程與通識選修聯繫設計之優點如下：
1. 體現清華大學通識教育的核心價值。
2. 兼顧學科之基本素養與學術之時代意義。
3. 核心課程必選修制、維持教師良性競爭與調整彈性。
4. 通識選修課程依之調整，提供學生清晰選修方向。
5. 加強核心與選修課程之連結，導正通識選修雜漫與必修僵化之弊。
6. 合聘教師制度兼顧教學與研究，維繫通識與其他所系之互動。
因此，核心通識課程規劃的長遠意義不僅止於核心通識課而已，其提綱挈領，將進一步引導通識選修部份的轉化。
本校目前每學期推出兩百門左右的通識課程，以學生課程比率，堪稱台灣高教中最廣博的通識教育課程。經教育部於2004年及2008年兩次分別對台灣7所研究型大學所進行的通識教育評鑑，評鑑結果報告中提到「該校校訓為『自強不息、厚德載物』，深富文化傳承意旨，通識教育目標則承學校總體發展目標而下，以校園現況及學生特質為基礎，其描述具體、邏輯清晰，具整體性。」，肯定清華通識教育有其獨具之特色與優良的表現。
近期，本校於105學年度完成核心通識改革與向度重整，將原第六向度之文化經典相關課程融入現有向度，各向度增列文化經典核心課程。此外，為增加通識課程的多元性與整合性，協助學生適性發展及深造上的需求，開展多層次組合的通識教育，並以學群的概念持續調整現有課程，期強化核心通識、通識選修之緊密聯繫同時積極開發新課程，包括核心課程之文化經典、選修課程之實作課程與自主學習課程等(架構如下圖)，期培養學生多元能力以面對全球合作競爭的新視界。
