93學年度之前，清華大學所施行之廣義共同課程學分數計有 30 ，包括外文 8 學分、文化經典 4 學分、歷史思維2 學分，其餘為通識 16 學分〈其中包括民主與法治2學分〉，分別由外語系、中語系、歷史所以及通識教育中心負責規劃與課程開設。
2004年初，清華通識教育在教育部七所研究型大學的評鑑中名列前茅，當時評鑑委員對清華核心通識之構思印象深刻，一致指陳清華通識教育若能推展此一核心通識課程，將為台灣大專學院通識教育立下極佳典範。通識中心之核心通識課程設計構想，首提出於教育部提升大學基礎教育「邁向全方位的大學通識教育課程系統」計畫中(2001至2005年)，計畫研討歷經四載。先期為計畫形式研討，後數度稍易其內涵，2005年3月初始定其稿，並於94學年度起試行。程序上，此案先經2005年3月通識中心會議通過，茲後提出於共同教育委員會、校課程委員會及教務會議討論通過落實。
核心通識課程原分為五大向度，計有思維方式、生命探索、美感情操、社會文化脈動以及科學技術與社會等。其中各向度皆設計有三門核心課程，總共 15 門核心課。規劃上，94學年度新生從五大向度中任選三向度中的任一門課，以滿足共三門核心通識必修課之要求。且此核心通識課程將以三年為期檢討改進，務期日新又新，與時俱進。其餘通識學分則屬選修課程部分。
核心通識課程之推出，希望藉以發揚清華大學校訓與學風的新時代意涵，詮釋與凝聚清華大學教育之核心價值。在五大向度中之規劃與課程安排上，因此特別著重學術的典範意義、學科間的整合交流、傳統與現代的對話以及時代意義與價值的闡發。因此各向度間呈現有機的組合，舉例而言，思維方式向度的三門課程皆可與其他四個向度之知識，進行同一課題卻是角度旨趣各異的交流。其他四個向度之於他向度亦然。五大向度雖無法全攝當代學術之內涵，然大抵可為人文社會科學〈部分自然科學〉入門之要。
如上所言，核心通識課程之目的在於體現清華大學教育之核心價值，而歷來清華通識教育之宗旨皆以發揚清華大學之精神為任。在2002年所提的十年通識教育發展的計畫目標中，通識教育中心提出三大遠程目標：一、面向全球化競爭，重視全球與在地對話；順應大學發展趨勢，致力於學術典範與原創力的追尋。 二、弘揚清華大學有所為有守厚德載物的學術性格、以及人文科技對話的傳統。三、重視以學生為本位的思考，提升學生對社群的關懷及夥伴關係的建立。核心通識課程的設計與開設希望彰顯實踐上述之精神與目標，而其所謂核心亦在標舉此些課程理應為當代各類學術入門之基礎與時代重要課題內容，其於清華學子尤為切要者。
以思維方式向度而言，目前設計有三門課：「當代科學文明」、「批判思考」以及「價值與實踐」。當代科學文明一課係以哲學角度省思數百年來西方重要科學典範發展之文明意義。批判思考乃在教導學生如何運用思辯邏輯克服思考慣性之迷障。價值與實踐則在引介學生針對當代人生價值與意義進行探索爬梳與抉擇。
生命探索則設計有「生命科學」、「生態體系與全球變遷」，以及「現代社會與心理」三門課，分從生命起源、社會心理學及生態三個環節上探索生命之現象與意義。生命科學提供介於生命科學知識與倫理價值釐清之內涵，社會心理學涉及自我探索與社會意涵，生態永續觀念則提供現代公民生態共生環境意識與責任。
美感情操向度有「認識藝術」、「當代視覺文化」與「藝術與心靈」等三門核心課。針對清華缺乏藝術學院，藝術之教養在通識中展據有相當重要的地位。根據經驗，許多清華學子具有藝術天份或深受藝術課程啟發，清華藝術通識課程尤其希望與理工知識相互結合，此方向深具潛力與原創性。認識藝術介紹東西方藝術發展，涵蘊啟蒙意義；當代視覺文化從學生最熟悉的視覺文化入手，觀像誘導；藝術與心靈思經由藝術表現，探索自我內心世界。
社會與文化脈動向度主要使學子了解現代現實生活世界的諸種制度現象與觀念。此中設有「經濟學與生活」、「公民社會與法治」、「社會文化分析」，分從經濟、政治、法律、社會文化諸角度切入，期使學生在其專業理工知識上進一步聯繫理解現代社會之脈動，深化與開拓未來社會中堅領導的視野與見地。
科學技術與社會乃屬新興領域，針對科技發展對人類社會文化衝擊，本向度別出一格以呼應以理工見長之清華的需求。內中有三門核心課：「科學革命」、「科技與社會」以及「前瞻科技」。「科學革命」回溯近代科學發展以及典範轉移對人類觀念的影響，「科技與社會」針對當代科學科技發展對社會的諸影響提出反省，「前瞻科技」則試圖介紹目前新興科技的知識，及其發展對未來人類社會與觀念可能產生之影響。
上述五大向度通識核心課程，九十四學年度起之新生一體適用。此必中選制，從學生立場而言，可顧及多元興趣發展，同時亦可達致清華通識教育核心價值之教育目標；以教師而言，相互觀摩與良性競爭亦可不斷改良教學內涵與品質。
至於通識選修課程，三年內將按照核心通識課程之向度重新調整，惟目前顧及與舊制銜接之課題，在實施初期，將規定新生仍須就原先之三門〈自然、人文與社會〉分類，按各院規定求其均衡配置修習剩餘之通識選修學分。長期而言，未來在通識選修課程部分，通識教育中心希望能做出有系統的規劃、開設以及課程導覽，俾學生有所依循。
此核心通識課程規劃的長遠意義不僅止於核心通識課而已，其提綱挈領，將進一步引導通識選修部份的轉化。通識選修課程未來仍將維持相當之數量，以使通識核心課程中所未能含攝與達致之通識教育目標，推展於選修課程中。例如宗教分析課程、本土文化、操作性藝術課程、通識護照、社區參與與自我學習等等，皆將進一步搭配設計與改進，以三年為期進行研討規劃與落實。